L'institut est administré par une Comité de gestion composé de 15 membres, dont:
- un président qui a voix consultative;
- un nombre égal de représentants des organisations représentatives des employeurs et des travailleurs, dont font partie les membres du groupe linguistique francophone du Comité de gestion de l'ORBEM.
La gestion journalière du IBFFP est assurée par un directeur général.
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